De första koordinatorerna för BeBo var Hans Westling (Promandat AB) och Hans Isaksson (K-Konsult). År 2010 tog Göran Werner (WSP) över ledarskapet och Göran är koordinator sedan dess.
BeBo fick i slutet av 90-talet en styrelse som sammanträdde ca fyra gånger per år och som hade till uppgift och ett mandat att ta beslut om att starta upp utredningar och projekt samt också ge ekonomiska bidrag ur den budget som årligen erhölls från Energimyndigheten. Styrelserna bestod av ledamöter från både branschorganisationer och akademin. Professor Arne Elmroth var inledningsvis styrelseordförande i BeBo och han efterträddes senare av Stefan Sandesten, VD för Byggherrarna Sverige AB. Byggherrarna var också då den juridiska hemvisten för BeBo, med ansvar att bland annat administrera den ekonomiska hanteringen av beställargruppernas budget inklusive budget för de projekt som styrelsen beviljade. Koordinatorn var föredragande om verksamheten och förslag till projekt m.m. inför styrelserna.
2015 fick beställargrupperna nya direktiv från Energimyndigheten, som bland annat innebar att beställargrupperna skulle drivas inom förordningen för Innovationskluster. Från 2015 tas beslut om finansiering till projekt och insatser inom myndighetens normala beslutsrutiner. I och med denna förändring fanns inte längre samma behov av beställargruppernas styrelser och dessa ersattes av ett branschråd som stöd för verksamheternas mer strategiska inriktning.
2019 har BeBo 29 medlemsföretag som är fastighetsägare av flerbostadshusbyggnader, både kommunala bostadsbolag och privata fastighetsägare. Utöver fastighetsägarna finns även branschorganisationer som Byggherrarna, Fastighetsägarna och Sveriges Allmännytta med som associerade organisationer och utöver Energimyndigheten så är Boverket som myndighet med som intressent i allt arbete.
Sammantaget representerar BeBo-medlemmarna cirka 13 procent av det svenska flerbostadshusbeståndet, sett till andel kvadratmeter i beståndet.